Строительство Крапивинской ГЭС на реке Томь может привести к ухудшению качества воды, уничтожению нерестилища ценных пород рыб и угрозе Томскому артезианскому водозабору. Общественные обсуждения не проводились на территории Томской области, а возможная зона затопления попадает на кладбища и скотомогильники с захоронениями сибирской язвы, месторождения ртути и торфа. В настоящее время проводятся инженерно-экологические изыскания достройки Крапивинской ГЭС.